Formålet med projektet var at nytænke organiseringen og gennemførelsen af undervisningen radikalt på seks forskellige gymnasier.
Gymnasiet tænkt forfra var et treårigt projekt, der involverede seks gymnasier (der repræsenterer stx, htx, hhx og hf) i Region Hovedstaden. Projektets formål var at arbejde med organiseringen og implementeringen af undervisningen på en måde, der understøtter, at de deltagende elever udvikler nye innovationskompetencer, et højere fagligt niveau samt større motivation og lyst til at lære. På hvert gymnasium deltog et team af lærere samt eleverne i én klasse, der i hele deres gymnasietid deltager i projektet.
Ved projektets afslutning var det være muligt at kortlægge, om de involverede klasser havde opnået nye og anderledes kompetencer end klasser, der havde gennemført den traditionelle undervisning, og hvordan der var sket ændringer i forhold til fx elevernes motivation og tilfredshed, karakterer, fravær og gennemførsel.